A ciência agronômica surgiu no Brasil, na segunda metade do século XIX, resultante da gradativa extinção da escravidão, do declínio da cana-de-açúcar no nordeste e da pecuária no sul. A aristocracia agrária em processo de decadência, no nordeste devido ao deslocamento do eixo econômico do país para o sudeste, com a lavoura do café, pressionava continuamente o governo imperial, na busca de uma solução para o problema de mão-de-obra, comércio e competitividade de seus produtos agrícolas. Desta situação, nasceu em 1859 o Imperial Instituto Baiano de Agricultura, com o objetivo de desenvolver uma tecnologia capaz de substituir a mão-de-obra escrava e melhorar a produção das lavouras. No ano de 1875, também na Bahia, foi fundada a primeira escola de Agronomia no Brasil, na comunidade de São Bento das Lages. Esse curso está hoje integrado a Universidade Federal da Bahia, no campus de Cruz das Almas, no interior do estado. A segunda escola foi criada em Pelotas, no Rio Grande do Sul, no ano de 1883. Hoje, é parte integrante da Universidade Federal de Pelotas.
As duas primeiras escolas de Agronomia no Brasil foram criadas, portanto, ainda no governo imperial, vinculadas aos interesses da aristocracia agrária.
Após o surgimento da Agronomia, o sistema de produção agrícola, passou a receber incrementos crescentes de recursos externos. A posse do saber agrícola, historicamente acumulado no homem do campo, foi gradativamente deslocada para os meios intelectuais e incorporada na tecnologia, na condição de propriedade do capital, aprofundando a divisão entre a concepção e a execução do processo produtivo, restando para o homem do campo o trabalho braçal.
Na região sudeste, a presença da mão-de-obra imigrante, substituindo a mão-de-obra escrava, e o domínio absoluto do café brasileiro no comércio internacional retardaram a demanda pela Agronomia.
Do início do Brasil Republicano até o período do pós-guerra, aproximando-se dos anos sessenta, a agricultura essencialmente agroexportadora e a oligarquia que a comandava foram perdendo força. O espaço agrícola foi também sendo ocupado pela agricultura diversificada, praticada pela força do trabalho familiar e direcionada ao mercado interno, em substituição às importações. Nesse período, a ciência agronômica, inteiramente vinculada ao estado, era comandada a partir do Ministério da Agricultura que fomentava a produção agrícola diversificada. A tecnologia era importada e, prioritariamente, dirigida à atividades como o beneficiamento do café e do algodão. Vale a pena ressaltar que o ensino de Agronomia no Brasil só foi criado e regulamentado, oficialmente, 35 anos após o surgimento da primeira escola, através do Decreto n° 8.319, de 20 de outubro de 1910. O principal objetivo desse decreto, que regulamentou o ensino, foi o de disciplinar a formação de mão-de-obra para a agricultura. Muito diferente de preocupar-se com a formação profissional do Engenheiro Agrônomo voltado para o desenvolvimento agrário, o decreto não deixava dúvida sobre o papel deste profissional nas políticas de governo. “O ensino agronômico visa a instrução técnica para o desenvolvimento das grandes propriedades”. Não fazia qualquer menção às questões sociais do campo e à agricultura familiar.
Na década de sessenta, a agricultura brasileira começou a sofrer uma acentuada transformação tecnológica, orientada por um processo de internacionalização baseada em pacotes tecnológicos, gerados a partir da Revolução Verde e difundidos mundialmente pelo capital multinacional. O novo modelo agrícola, priorizava a produção de culturas de exportação, fornecedoras de matéria prima para o processamento industrial. A agricultura ficou comprimida, transformando-se num sub-setor industrial, compondo a agroindústria. Esse processo de transformação passou a ser chamado de modernização da agricultura. O ensino da Agronomia, que era controlado pelo Ministério da Agricultura, passou para o Ministério da Educação e Cultura, através do Decreto n° 60.731, de 19 de maio de 1967.
Hoje, existem no Brasil 70 cursos de Agronomia funcionando regularmente. Esses cursos, no seu conjunto, oferecem, aproximadamente, seis mil vagas por ano.
O reconhecimento do trabalho do Engenheiro Agrônomo só veio acontecer muito tempo após o surgimento da Agronomia no Brasil. Em 12 de outubro de 1933, o Decreto presidencial no 23.196 regulamentou o exercício da profissão de Agronomia. Portanto, somente cinqüenta e oito anos após a criação da primeira escola de Agronomia, é que foi oficializada a existência desse profissional.
Esta data da regulamentação da profissão, 12 de outubro, passou a ser adotada pela categoria como o dia do Engenheiro Agrônomo.